AMAPstudio relies on the plant architecture modelling concepts developed in the AMAP laboratory since the 1980s, you will find here various links to several foundation papers.

In english:

Barthélémy, D. and Caraglio, Y., 2007. Plant architecture: a dynamic, multilevel and comprehensive approach to plant form, structure and ontogeny. Annals of botany, 99(3), pp.375-407. pdf

In french:

Rey, H., Godin, C. and Guedon, Y., 1997. Vers une représentation formelle des plantes. In: Modélisation et Simulation de l'Architecture des Végétaux. J. Bouchon, P. de Reffye and D. Barthélémy (Eds). Science Update. INRA Editions, Paris, France, pp. 139-171. pdf

Caraglio, Y. and Barthélémy, D., 1997. Revue critique des termes relatifs à la croissance et à la ramification des tiges des végétaux vasculaires. In: Modélisation et Simulation de l'Architecture des Végétaux. J. Bouchon, P. de Reffye and D. Barthélémy (Eds). Science Update. INRA Editions, Paris, France, pp. 11-87. pdf

Barthélémy, D., Caraglio, Y. and Costes, E., 1997. Architecture, gradients morphogénétiques et âge physiologique chez les végétaux. In: Modélisation et Simulation de l'Architecture des Végétaux. J. Bouchon, P. de Reffye and D. Barthélémy (Eds). Science Update. INRA Editions, Paris, France, pp. 89-136. pdf